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尽管最初的大店法对大型店扩张采取了一种原则放任的态度，但是，法律一旦成立，其实施效果完全和制定法律预想的结果相反。这是因为，首先，大店法是一个各种势力的妥协结果，法律一旦成立，必然被利害相关者用作保护自己利益的工具。而且，法律实施过程包含了利害关系者事先调整这一矛盾，不能简单判定谁是谁非，埋下了引发争议的种子。其三，法律运用标准方面没有明确的规定，只能委之于主管当局的权衡，这成为加剧矛盾的原因。看似宽松的大店法，正因为缺乏具体限制的特征而被反对大型店的中小零售业和一些政治家所利用，在添加各种地区限制和前提条件情况下具体化了。在大店法实施后的15年间，中小零售业者依据这个法律对大型零售店、尤其是超市的扩张行为展开的围追堵截。因此，这个时期被称为"中小vs.大店15年战争"。

大店法开始实施后，首先把矛头对准了"全年无休、长时间营业"的大型超市，对其营业时间和营业日期进行限制。当时的日本，正好处于第一次石油危机发生后的萧条时期，各地区中小零售业者都感到"趁机给超市加上紧箍咒"的时机到了。通产省要求各地的商业关系调整协议会对这个问题加以调整，但是仅仅实施1年之后的1975年3月，根据《日本经济新闻》的调查：完成调整的43个商业关系调整协议会中，允许按照原来的日期和时间营业的仅有9个，其余的全都以某种方式缩短了营业日期和营业时间，而且多数是按照大店审议会提出的"下午7时打烊、每年休息30日"的基准严格实施。

1975年，大型超市的增设和新设申请在各地商业关系调整协议会的审议中，不断遭到削减面积的处置，据统计，当时被允许的大型店的新设、增设面积，平均比计划面积压缩30%以上。不仅缩小面积，在有些地方甚至出现了拒绝大型店开店的做法。比如75年3月大荣在熊本市的出店计划就遭到了当地中小业主和商会的一致反对。进而，在反对运动、商工会议所决议、向市议会请援等手段未能奏效的情况下，当地业主们抢在大荣向通产省正式提出开店申报之前，召开商业活动调整协议会会议。在表决时，赞成派的消费者代表委员以受到压力为由缺席，最终以"零票赞成"通过了反对审议。

大店法实施后仅仅一年，各种问题就暴露出来。从法律效力上看，大店法仅仅具有审议削减面积的建议权，并没有禁止开店的效力。尤其是，单凭企业提出正式申报前商业活动关系协调委员会的决议就能够禁止开店吗？从法律程序上看，商业关系协调委员会是审议机关，但是那里的委员却是地方的商工会选派的，商工会事先就表明意向的做法，是和其承担的责任相矛盾的。更为严峻的事态是，在实施大店法的过程中，各地区政府、议会不断超越大店法范围扩大解释，1500平米、1000平米、甚至300平米的店铺都被很多地区列为限制对象。事实上，通过商业关系调整协议会阻止开店的做法，已经超越了申报制，比原先的许可制也有过之而无不及。

很多地方还进一步提出要修改大店法，把1500平米的限制提高到1000平米，要将申报制改为许可制。与这种要求相配合，1977年3、4月份，日本国会中将大店法与《零售商业调整特别措置法》结合起来的修正案在国会中被提了出来。基本内容是将大店规定严格到1000平米的店铺，行政劝告权由通产省下放到地方长官县知事手中。虽然国会只通过了后者，但同时也通过了另外一个限制大企业活动的法律--中小企业领域调整法。而各个地方的议会也开始就商业关系调整制定各种地区限制。反对大型店的抵抗运动在中央政府主管机关犹豫不决、地方政府和地方业主的大合唱中日益升级。更有甚者，即使地区的商店街联合会多数通过了允许开店的决议，个别商业区仍然继续反对，甚至不惜阻挠和破坏开店、禁止开发业主施工、要求重新审议、提起诉讼等的情况也时有发生。

这一连串的争议事件，最终导致了1979年大店法的改订。改正后的大店法，将销售面积500平米到1500平米以下的商店，作为第二种大型零售店铺在大店法的范围内加以限制。结果，大店法不仅限制综合超市，也将所有食品、衣物、家电、书籍、家庭用品中心等专门店加入了限制范围。各个地方的政府也在地区中小零售业者的要求下，纷纷发表数年间在本地区内冻结大型店新设计划的声明，形成了一种雪崩式的模仿效果。大型店只好采用瞄准地区声明期限终了的时间集中申请开店的办法。大型店集团和中小店铺组织之间的矛盾继续激化。中小零售业10团体于81年6月进一步提出修改大店法的请求，最终通产省不得不于1982年2月发出强化大店法实施的通知，采用了严格的行政指导的方式，实际上演变成了许可制。主要的措施有4点：

1．对开店实行窗口指导；

2．对大型零售集团实施个别指导；

3．强化商业活动调整协议会的事先调整机能；

4．对生活者协会、农协的系列店开店加以限制。

具体办法是通产省的通产局根据大型店预定地区的商圈人口、当地大型店销售面积在零售业中所占比例、人口增加率、零售额变化、零售业分布状况来衡量，把这些指标综合起来划分"限制店铺新设区域"。在"限制店铺新设区域"对新开店申请原则上不予受理。在不属于限制新开店的区域，通产局指导大型零售业者向地方官提出申请。在个别指导方面，要求大型零售企业实行"开店自我约束"，对位居前10位的超市和前10位的百货店分配新设面积，对百货店的每年申请开店一律抑制在一个集团1店的水平上。这实际上又回到了百货店法针对企业的老路上去了。此后，一直到1989年6月"90年代流通展望"制订为止，被称为"大型店的冬天"，大型店的扩张实际上被遏制住了。