国立大学改革的基本要点是大学的独立经营。基本的做法是国家机关的放权和大学的自立。但是历来的国立大学是靠国家经费运营的，经费的多少决定大学的生死。而改革的首要目的实际上是为了节约经费裁撤现有的一部分国立大学。现有的国立大学哪一个都不想成为裁撤的目标，于是，在研究和教学方面底气不足的大学纷纷开始横向联合，把小的做大，以求在新体制下分一杯羹。而选择保留还是裁撤的标准就成为注目的焦点。

    2001年6月文部科学省决定了国立大学法人化时的评价标准方案，其中最关键的一点就是评分的多少将和拨给的经费联系起来。同时，也决定了准备裁撤大学的标准，结合升学人口减少的现状，第一刀砍向教育学领域。宣布对教育大学、教育学系进行裁减和缩编、或转移给地方经办。对于医大等单科大学，将考虑与其他大学合并或移交等办法。

    这个方案引起了地方的教育大学和沂教育学部为主的大学的恐慌，不过也留给他们一条出路，这就是可以采取跨县的大学和学科的合并等方法求生存，而这联姻的对象可以自由组合。在管理方面引进民营管理方式，大学的董事和管理组织可以聘用外部专家、根据能力或业绩来管理等等。换句话说，可以借鸡生蛋，把名人请到自己的学校抬高自己的价值。在大学评价上将引进有专家和民间人士参加的客观评价，并将评价向社会结果公开。这个方案一出台在民间媒体引起了一场大学评判热，各种杂志大学评价、比较、调查、排行的私家方案闹腾起来。当然也不乏别有用心地制造舆论的人。

    令各个大学心惊的事情还有一件，就是文部科学省于01年8月决定，从下一年度开始，将根据研究和人才培养的实际成绩对全部国公私立大学实行重点分配预算。在研究和教育的各领域选出前30名的大学，在历来的预算基础上，追加1至5亿日元的资金。02年预定为5个领域、总金额420亿日元，03年将扩大到10个领域，主要参选对象是开设大学院的大学，由专家委员会在每个领域的中、以大学院专业为单位选择最尖端的研究和优秀的教育活动前30名。追加预算的用途完全由各大学自由支配。也就是说，此举的目的就是要在大学之间挑起竞争。

    竞争的方向就是要打破人才培养方面停滞不前的局面。文部科学省早在5月已经就2001年国立大学重点学科培育经费的分配方法，给各国立大学的校长发了一个通知，内容说“对于授予博士号少的大学院不给予重点培育经费”。这个重点培育经费是援助各国立大学开设教学研究据点的，是在已有研究经费上新增的部分，2001年的总额为43亿日元。有趣的是文部科学省对这项经费分配的方案中规定，对于过去3年之间博士学位授予率一次都没有超过3成以上的大学原则上不考虑。而优先支付的大学是那些开设招收在职者课程、热心留学生培养等，对培养研究人才热心的学校。

    日本的大学普遍存在着博士生只管招收、不管学位的情况，尤其是文科，取学位的道路曲折而漫长，在正式在学期间取得学位的可能性微乎其微，很多教授自身也没有博士学位。日本学生不得以大都采用先就业、后取学位的方式。但是外国学生一旦没了学籍就无法获得签证，只好回国。尽管以前文部省一再督促各大学积极授予学位，却一直没有什么效果。很多从事国际援助的财团也把援助发展中国家学生毕业后取学位作为一项任务。如果大学的学位授予制度健全的话，这项社会资源本可大大节约。日本国立公立大学的文科博士学位授予率只有21%，而私立大学的博士学位授予率就更低。博士授予率太低无疑是日本大学教育缺乏国际竞争力的原因。所以，动用经济的杠杆促使大学完善学位授予制度，也算是一种没有办法的办法。2001年5月末的国立大学事务局长会议上，当时文部科学省的高等教育局长指出：“授予率太低了！得不到博士学位，要么是学生素质不好，要么是不好好运作。要是还不改善，还要不断缩减经费！”

    到了2001年的下半年，地方的国立大学和教育大学最先开始了横向联合的探讨。这番动作，也影响到了公立大学。读卖新闻10月公布的一项调查显示，国力和公立学校的66%都在考虑合并和重组，已经决定合并的国立学校12所、公立学校2所，正在探讨合并的国立学校22所、公立8所，探讨合并可能性的国立学校36所、公立学校24所。

    其中感到冲击最大的还是各县的教育大学。过去，为了普及教育、培养教员，日本曾经按每县一个的原则开设教育大学和教育系，全国合计有48个教育大学和教育系。文部科学省的方针是把这些教育学系和教育大学砍掉一半，归并为每两三个县开设一个，文部科学省决定部分学校从03年起就开始归并。02年的2月，全国101所的国立大学中，有2/3已经开始和近邻的大学的合并具体行动，已经有15组31所国立大学已经就合并达成了意向，正在进行交涉的大学还有10所。达成意向的大半是位于同一县内的综合大学和单科（教育）大学，跨县境的综合大学的合并探讨也开始出现。即使没有开始具体行动的大学也着眼于合并和其他大学开始交换意见。

    02年2月，文部科学省的大学改革联络调整委员会开始讨论国立大学的法人化经营最终方案，这个方案的焦点在于国立大学独立之后的教职员身份问题。提案的要点是“全体非公务员的选择”，在大学内设立有关教学的“评议会”和分担学校管理的“运营协议会”。国家公务员在日本社会里是一个特殊的阶层，虽然工资收入上不如某些大企业，但工资收入稳定、退职金优厚、基本没有失业危险。所以，非公务员化的选择引起了很多人的疑虑。

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