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文部科学省的国立大学法人化调查检讨会议于2002年6月拿出了最终报告。最终报告的内容包含了这样一些要点：
1 全体教职员全部变为非公务员：过去，由于国立大学教师的公务员身份，使得他们不能兼任私营公司的董事等职务。教师身份变成非公务员，使得他们的活动领域大大拓宽，担任大学教师的同时，也可以在私营企业的研究所稿兼职研究，真正的研究人才有了用武之地。但在研究既能强化的同时，也有了教育水平下降之忧。由于大部分学校可能会采用任期制，为了快出成果，短期难于见效的基础研究的规模可能会缩小。身分变更为为非公务员之后，担心最大的实际上是国立大学的职员，文部科学省采用了使现有国立大学职员待遇不变的手法来平息他们的不满。
2 学费的差距将增大：迄今为止，国立大学的在国家的补助下实行了较为低廉的学费制度，一些花费较多的学科如医学部和工学部等都实行了同样的学费。今后，医学和工学部学学费提高的可能性非常大。但是，这样一来，各大学之间的学费差距就有可能拉大。不得不实施地学费的学校教学研究环境会恶化，独立法人化可能成为国立大学竞争淘汰的导火线。另一点就是学费迅速上升，就会失去国立大学的优越性。
3 收入多样化和大学间差距拉大：作为国家的一个分支机关，国立大学不能经营盈利的事业。国立大学的学费等收入是采取收归国库再统一分配的方法的。独立之后，科研成果可以直接转化为收益，教育出版等业务也能赚钱。这对于机会相对少的地方大学、专科大学、基础研究、素养教育等领域是相对不利的。可能导致人文、社科等领域的荒芜。
4 学术研究自由和出现伪科学研究的可能性：由于采用全部国立大学同时实现法人化经营，经费使用、人员选用、组织调整等方面全面由校长和校方决定，学费也一定程度上由大学自定，大学的自治权得到保证，至少从官僚和政治家的角度对于学术研究自由的限制减少了。同时，媚付世俗、屈从于个别大学领导人的伪科学出现的可能性增大了。
这个报告出台，决定了国立大学成为独立法人的趋势，但是由于具体实施的法律文件尚未出台，对于具体的实施，各大学表现出困惑。
7月，文部科学省宣布文部省公布了取消国家对于大学入学资格限制的方针。改变历来只录取高中毕业生和大学资格检定合格者的方针，录取的原则将放手由大学自行决定。对于高中退学和外国人学校毕业生来说，无疑是个喜讯。历来没有正式高中毕业和没有在大学统一考试中达到合格录取线的人是不能上大学的。文部科学省的限制改为“通过大学单独组织的考试的高中毕业生和承认具有同等以上学力的年满18岁以上的人”。这个规定正式成立的话，高中退学的人也能直接通过公立大学的考试进入大学。
10月，文部省宣布撤销1993年制定的对于大学开设、增加招生定员增加的限制，保留了例外的个案的抑制权。新的大学只要满足了法律规定的条件，原则上都可以成立，而现有大学由于招生定员的限制，很多对于设立新学科持首鼠两端的态度。这个决定无疑将促进新学科的出现、加剧大学的竞争。
02年12月，文部科学省关于国立大学独立法人的概要已经大致完成，准备于03年2月提交国会审议。1月末，正式透出了消息，基本的要点是：为了促进有特色的教育和研究，扩大各大学自由决定权，承认校长具有任免经营决策机构的理事的权力。大学理事会由校长和理事构成，校长在理事会的辅助下决定预算的编制与执行、组织的构成、中期计划等重要事项，校长的任其为2年以上6年以下，有任免分管教育、学术、经营各个领域的理事的权力。为在大学管理中反映社会需要，理事会和监查机构必须有大学以外的人员参加。大学管理方面的重要事项由理事会下设的“经营协议会”决定，这个机构中人员的半数以上必须由大学以外的人士构成。
但是，随着国立大学独立法人案的具体化，各国立大学加紧对应措施的同时，国立大学教师团体和各界与文部科学省的对立空气转浓，原因就是文部科学省和国立大学校长协会头头通过秘室操作搞出来的法人案概要。批判的要点有：
1 法案将“国立大学”和“国立大学法人”分立起来，设立大学的权限交给“国立大学法人”。理事会中下设分管经营的组织“经营协议会”和分管教学研究的组织“评议会”。从结构上排除了研究教育组织对于大学经营的权限。
2 校长权力极度增大，缺乏制衡机制。连决定校长的“校长考评会议”也直接隶属于现任校长。
3 对解除校长权力的“业绩恶化”等事由硬性规定，国家可以通过控制评价学校业绩的机构控制校长。
如此这般一分析，国家对于大学的控制不是减弱了，反而增强了。对于这一点感到忧虑的文化人和大学教师们于1月28日在东京举行记者招待会，要求小泉内阁停止向国会提出国立大学法人化法案，他们认为，支撑政府的改革案是只顾眼前的经济理论，想把作为“知识的共同体”的大学改变为“企业”，这样做会毁坏担负未来的基础研究。反对国立大学的独立法人化的教师也开始了“反对签名运动”。国立大学的改革到了关键时刻。
（待续）
日本的大学改革系列报道 1
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